Kambodžan nykyinen lippu on otettu käyttöön vuodesta 1993, sen jälkeen kun monarkia palautettiin maahan kansanäänestyksellä. Vuodesta 1850 maalla on ollut lippu, johon on kuvattu Angkor Watin keskusta. Nykyinen sini-punalippu on myös ollut maan tunnuksena vuosina 1948-1970. Maa sai uuden lipun 9. lokakuuta vuonna 1970, kun kenraali Lon Nol esitteli maalle uuden symbolin Khmerin tasavallan aikana. Demokraattisen Kamputsean lippu oli maan käytössä vuosina 1975-1979, ja lipussa oli kuvattu kolmitorninen keltainen Angkor Wat punaisella taustalla. Kun Kambodžan kansantasavalta perustettiin vuonna 1979, maalle tuli uusi lippu, joka toimi maan tunnuksena aina vuoteen 1989. Vuosina 1989-1991 maa tunnettiin nimellä Kambodžan valtio, ja sen lipussa oli sini-punataustat, jonka keskellä oli kultainen Angor Wat. Kambodžan sisällissodan osapuolet sopivat aselevosta ja YK :n tukemat vaalit vuonna 1993 auttoivat palauttamaan järjestyksen. YK ehdotti maalle väliaikaista lippua, jossa oli vaaleansininen tausta, ja keskellä valkoinen Kambodžan kartta.